Maebara Keiichi es un joven estudiante perteneciente a una familia clase media, quienes en busca de descanso deciden mudarse a la pequeña y apartada villa de Hinamizawa. Aquí, el aire de los bosques es extraño, misterioso, pero Keiichi logra sentirse a gusto en ese sitio que de alguna forma se ve tan acogedor. También hace algunas amigas en su nuevo colegio, y con ellas se dedica a las actividades del club que tienen después de clases, en su mayoría practicar juegos de estrategia y cartas.
Los días transcurren y el pueblo parece tan normal y tranquilo como siempre... hasta la llegada del “Watanagashi”, un festival local en el que se agradece al dios Oyashiro-sama. Keiichi se entera que desde hace cuatro años en la noche del festival una persona muere y otra desaparece, como consecuencia de una terrible maldición provocada por un castigo divino.
Entonces, su mundo comenzará a distorsionarse. Keiichi siente que algo lo vigila de cerca, que sus amigas le ocultan secretos, y que la historia de Hinamizawa es aún más tenebrosa y siniestra de lo que alguna vez imaginó. Y así, poco a poco, Keiichi se verá involucrado en todos estos eventos y con Oyashiro-sama, encontrando pistas y datos que parecen conducir hacia una única y perturbadora verdad.